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Il territorio del comune di Gallipoli, che occupa una superficie di 40,35 km², si affaccia sul mare Ionio con un litorale di circa 20 km comprendente anche le località di Punta Pizzo, Baia Verde, Rivabella e Lido Conchiglie.
Il centro urbano, situato a 12 m s.l.m., è composto dalla città vecchia, posta su un’isola calcarea collegata alla terraferma con un ponte seicentesco, e dal borgo, che accoglie la parte più moderna della città.
Il territorio confina a nord con il comune di Sannicola, a est con i comuni di Alezio e Matino, a sud con il comune di Taviano a ovest con il mare Ionio.
Nel comune di Gallipoli ricade il parco naturale regionale Isola di Sant’Andrea e litorale di Punta Pizzo istituito con legge regionale n. 20 del 10 luglio 2006.
La stazione meteorologica di riferimento è quella di Lecce Galatina. In base alle medie di riferimento trentennale (1971-2000), la temperatura media del mese più freddo, gennaio, si attesta attorno ai +8,6 °C, mentre quella del mese più caldo, agosto, si aggira sui +25,2 °C. Le precipitazioni medie annue, che si aggirano intorno ai 639 mm, presentano un minimo in primavera-estate ed un picco in autunno-inverno.
